婚内协议公证的公证部门就是有管辖权的公证机构，即双方的住所以或者经常居住地所在的公证机构。婚内协议公证流程首先是准备好公证所需要的材料，接着是双方到公证处提出公证申请，双方按照提升签名后由公证处对当事人提交的材料进行审查，15个人工作日内可以审核完毕，审核通过的，双方即可领取公证书。
一、婚内协议公证去哪个部门
婚内协议公证的部门是有管辖权的公证机构处，双方可以选择任意一方的住所地、经常居住地所在的公证机构，如果该婚内协议涉及不动产的，应当由不动产所在地的公证机构办理。
法律依据：
《中华人民共和国公证法》》第二十五条，自然人、法人或者其他组织申请办理公证，可以向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出。
申请办理涉及不动产的公证，应当向不动产所在地的公证机构提出；申请办理涉及不动产的委托、声明、赠与、遗嘱的公证，可以适用前款规定。
二、婚内协议公证流程
婚内协议公证流程具体如下：
1.首先需要准备好如下材料：
（1）协议双方的身份证明，如身份证、户口本、结婚证等；
（2）与协议内容有关的财产证明，如房产证、购房合同、付款发票等；
（3）双方已经草拟好的婚内协议。
2.准备好上述材料后，夫妻双方必须共同亲自到公证处提出公证申请，填写公证的申请表格。
3.夫妻双方可以按照公证员的提示完成公证流程，并在公证员的面前在协议书上签名。
4.公证处审查通过后，当事人可以去公证处领取公证书。公证机构经审查通常需要十五个工作日。
三、婚内协议公证的效力如何
婚内协议一旦经过公证，那么其的真实合法性就得到了法律的认可。婚内协议书公证后，如果一方反悔，要对婚内协议的内容进行更改，如果另一方同意更改的，双方应当将重新签署好的婚内协议书到公证处按第一次进行公证的程序再次进行公证，才能生效。自行更改的或者重新议定的婚内协议书不能对抗已经公证生效的婚内协议书。如果一方不同意更改的，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。